Zazwyczaj myśląc o tym, że będziemy prowadzić działalność gospodarczą nie zastanawiamy się nad tym, jak nasz program do faktur poradzi sobie z tym, że dostaniemy zaliczkę na poczet przyszłej usługi lub dostawy towaru. A jednak jest to kwestia ważna i należy wiedzieć jak sobie poradzić, gdy już znajdziemy się w takiej sytuacji. Ewidencja księgowa powinna dać sobie radę z czymś takim jak faktura zaliczkowa, jeśli tylko weźmiemy pod uwagę kilka absolutnie podstawowych zasad. A więc przede wszystkim należy na takiej fakturze uwzględnić wszystko to, co na niej znaleźć się powinno. Poza tym wszystkim, co faktura normalnie zawierać powinna ważne jest sformułowanie mówiące o tym, że zapłacona kwota jest tylko fragmentem płatności zaliczonym za usługę lub towar. Na fakturze nie można także pominąć informacji co do wcześniej pobranych zaliczek. Tak więc koniec końców taka faktura zaliczkowa nie jest niczym strasznym a jeśli nie mamy wzoru w naszym programie księgowym, to możemy poszukać na stronach internetowych – z pewnością uda się nam natknąć na odpowiedni. Nie można także wystawiać faktury zaliczkowej później niż do tygodnia po otrzymaniu pieniędzy. Oczywiście fakt, że otrzymaliśmy zaliczkę automatycznie oznacza, że konieczne będzie zapłacenie od niej podatku w odpowiedniej kwocie. Naturalnym następstwem wystawienia faktury zaliczkowej obejmującej część kwoty, jaką ktoś nam płaci jest także wystawienie faktury końcowej, na której musi pojawić się wzmianka o wcześniej wystawionej fakturze.